1998年12月，化學工業部撤消，賽鼎公司隨中國化學工程總公司進入中央直屬大企業之列。2000年，根據《國務院辦公廳轉發建設部等部門關于中央所屬工程勘察設計單位體制改革實施方案的通知》（國辦發〔2000〕71號）文件精神，賽鼎公司由事業單位改制為科技型企業。